碧雲寺座落於山靈水秀的台南市關仔嶺半山腰中,坐東向西,背倚秀麗的枕頭山,面迎廣闊的嘉南平原,附近林木茂盛;四周碧綠青翠,雲煙縹緲,「水火同源」與本寺同屬一脈源,地下蘊涵豐富之天然氣,故名「火山碧雲寺」。本寺在宗教的莊嚴氣氛中,並兼具賞心悅目的詩情畫意,更是全台一處得天獨厚的靈山勝境,修行者參禪悟道的好地方。
由於早期台灣社會環境的關係,碧雲寺是座佛、道為主的寺院,台灣民間傳統信仰兼祀的佛剎,這在早期佛剎頗為常見,也因此碧雲寺的信眾涵蓋了佛教與道教,在親和力與善化人心方面有更好的作用。
碧雲寺大部份建物構造仍保存閩南及日式混合風格,其洗石子的大量使用是一大特色,正殿及山門之剪粘、泥塑極具地方色彩,最引人注目的是山門外的一對笑獅。
玉枕龍泉水
台南市碧雲寺奉觀世音菩薩指示,開闢一座玉枕龍泉水與十方善男信女廣結善緣。於農曆庚寅99年2月19日(西元2010年4月3日)早上9:00啟用。提供十方善信蒞臨取水,祈求闔家平安、身體健康。玉枕龍泉水質經檢測,環署環檢字第050號檢驗合格,可安心飲用。
出米洞
碧雲寺最膾炙人口的傳奇故事要屬「出米洞」。出米洞就在山門南側外面,兩塊岩石夾縫底下的一個小洞。相傳從前出米洞會自動漏出米來,恰巧是夠寺中使用,後來有位貪心僧人偷挖了一整晚,並將米佔為已有,從此出米洞就不再出米了。又有另一傳說日據時代民眾造反,寺方將米糧藏於洞裡,急用時再從石洞中取出,因被路人瞧見,以為石洞會出米,於是被稱為「出米洞」。