交通部鐵工局推動南鐵地下化計畫，臺南環盟等環團代表要求釐清鐵路地下化之地下水與排水爭議。環團強調，南鐵地下化環評資料（85年環評、99年環差）都沒有地下水位調查、地下水及排水系統因應對策，且後來交通部的地下水報告嚴重忽略臺南市豐沛的地下水源，不能只考慮降雨下滲的雨水。
據了解，環盟已於6月10日按鈴控告交通部地下水報告涉偽造文書，環團提出的爭議點包括地下水及排水問題應重新環評、交通部的地下水報告涉偽造文書、忽略臺南市豐沛的地下水源與四百多年歷史的自然水道、未提出施工期間的排水對策等問題都還沒釐清，更無法在短短3分鐘的發言時間中充分討論，要求重新環評或召開專家會議。
環團指出，南鐵地下化目前已發現鐵路地下化工程將造成工程西側地層下陷，工程東側地下水位將上升，並可能造成臺南市東區、北區、仁德區等區域淹大水。又，鐵路地下化工程將阻斷有四百多年歷史的天然水道（文源溪、德慶溪、竹溪），官方卻將其當作普通箱涵，沒有評估遭人工阻斷後對臺南地區的長遠影響，以及施工期間排水系統能否因應風災的風險評估。
臺南環盟提出的要求如下：
本案地下水及排水問題沒有環評，應重新環評；如不環評，要求召開釐清地下水、排水及地層下陷等爭議之專家會議。
要求調查交通部101年「臺南市鐵路地下化計畫的明挖覆蓋工程對地下水文及鄰近建物之影響研究」報告涉偽造文書爭議。
要求交通部提出往年至今之地下水監測資料與報告。
要求提出施工期間排水對策。
